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Géneros:

Los hipopótamos actuales se clasifican en dos géneros distintos, Hippopotamus y Choeropsis, que incluyen las siguientes especies y subespecies:

Hippopotamus:

Hippopotamus amphibius. Una sola especie con tres subespecies:

Hippopotamus amphibius amphibius - Hipopótamo del Nilo.

Hippopotamus amphibius kiboko - Hipopótamo común oriental.

Hippopotamus amphibius capensis - Hipopótamo común sureño.

Choeropsis:

Choeropsis liberiensis. Una sola especie con dos subespecies:

Choeropsis liberiensis liberiensis - Hipopótamo pigmeo de Liberia.

Choeropsis liberiensis heslopi - Hipopótamo pigmeo nigeriano. (Extinto)